Funkcjonowanie Collegium Invisibile opiera się na modelu Piramidy wiedzy. Dzięki wzajemnie powiązanym programom edukacyjnym i naukowym członkowie stowarzyszenia mogą występować zarazem w roli uczniów, partnerów i nauczycieli, co pozwala im doskonalić się w każdej z tych ról i przekazywać innym zdobytą wiedzę, bez popadania w skostniałe szkolne rutyny i zwyczaje.

Główne programy Collegium to:

• Obozy naukowe
• Program Tutorialny,
• Pierwszy Tutor,
• Szkoła Letnia,
• Wioska Olimpisjka.

Jesteśmy otwarci na nowe inicjatywy; przez ponad 20 lat działalności realizowaliśmy różnorodne programy takie jak Biblioteka Collegium Invisibile, cykl seminariów Colloquia Invisibilia czy Projekt Fleck – program pomocy dla studentów z Ukrainy.