Funkcjonowanie Collegium Invisibile opiera się na modelu Piramidy wiedzy. Dzięki wzajemnie powiązanym programom edukacyjnym i naukowym członkowie stowarzyszenia mogą występować zarazem w roli uczniów, partnerów i nauczycieli, co pozwala im doskonalić się w każdej z tych ról i przekazywać innym zdobytą wiedzę, bez popadania w skostniałe szkolne rutyny i zwyczaje.
Główne programy Collegium to:
- Obozy naukowe
- Program Tutorialny,
- Pierwszy Tutor,
- Szkoła Letnia,
- Wioska Olimpisjka.
Jesteśmy otwarci na nowe inicjatywy; przez ponad 20 lat działalności realizowaliśmy różnorodne programy takie jak Biblioteka Collegium Invisibile, cykl seminariów Colloquia Invisibilia czy Projekt Fleck – program pomocy dla studentów z Ukrainy.